企业数字化运营面临的第一个难点是技术与系统集成。随着信息技术的不断发展，企业可能面临着多个不同的系统和平台，如客户关系管理系统、供应链管理系统、财务系统等。这些系统可能由不同的供应商提供，往往难以实现无缝集成。此外，企业数字化运营还需要考虑到技术标准的差异，数据格式的兼容性等问题。在面对这些挑战时，企业需要寻求专业的技术支持和系统集成方案，以确保数字化运营的顺利进行。
另一个难点是数据管理与安全。随着数字化运营的推进，企业可能会面对大量的数据。如何有效地管理和利用这些数据，成为企业所面临的一个重要挑战。同时，数据的安全性也是企业数字化运营中非常关键的问题。企业需要确保数据在传输、存储和处理过程中不受到泄露或篡改，需要建立健全的数据安全管理体系，采取技术手段和管理措施来保障数据的安全。
除了技术和系统方面的难点，企业数字化运营还需要充分考虑到人员技能与培训的问题。数字化运营所需要的技能和知识可能与传统的业务模式有所不同，因此需要对员工进行培训和教育，以提升其数字化运营相关的技能和素养。此外，企业还需要招聘和培养数字化运营方面的人才，以满足数字化运营的需求。
最后一个难点是组织结构与变革。数字化运营在企业内部可能会带来一系列的变革，包括业务流程的重新设计、组织结构的调整、管理模式的转变等。这些变革可能会引发一定程度的阻力和矛盾，需要企业领导者具备更强的变革管理能力，引导组织成员适应数字化运营所带来的变化，并享受变革带来的益处。
